Die Geschichte fängt damit an, dass eine Gruppe Inseln namens Kark Isles in der Nähe der Heimatstadt der Protagonistin Ryza auftaucht.

Das betrachten Ryza und ihre Freunde als Bedrohung. Sie untersuchen die Inseln und entdecken Ruinen mit einem gewaltigen Tor. Als Ryza sich soeben dem Tor nähert, erklingt eine seltsame Stimme in ihrem Kopf und gibt ihr auf, den Code of the Universe aufzuspüren.

Was verbirgt sich auf der anderen Seite des Tors, und was bedeutet Code of the Universe? Ryza und ihre Freunde hoffen, einen Weg zur Rettung ihrer Heimat zu finden.

Sie begeben sich auf ein großartiges Abenteuer rund um einen Key und die Wurzeln der Alchimie.