BLUE REFLECTION: Second Light folgt den Abenteuern dreier Schüler, Ao Hoshizaki, Kokoro Utsubo und Yuki Kinjou, die sich plötzlich ohne Erinnerungen in einer geheimnisvollen schwebenden Akademie wiederfinden.

Einzig ihre Namen sind ihnen noch bekannt. Sie müssen nach Hinweisen suchen, mithilfe derer sie den Weg nach Hause wiederfinden.

Als sie eines Tages einen Pfad in ein neues Land erkunden, werden die Protagonisten dort von einer Horde tödlicher Monster empfangen. Im Kampf gegen diese teuflischen Kreaturen entdecken sie bis dato ungekannte Kräfte in ihnen - und stehen damit vor weiteren Rätseln.