Im Jahre 2507 lebt die Crew des Raumschiffs Serenity am Rande des Universums. Als ein junger Arzt und dessen telepathische Schwester an Bord kommen, gibt es Probleme. Fortan wird die Serenity von der allmachtigen Allianz durchs Weltall gejagt. Diese hat es auf die junge Passagierin abgesehen, weil sie die dunkelsten Geheimnisse der Allianz kennt. Eine unerbittliche Verfolgungsjagd beginnt ...