Im ersten Teil X-Men lernen die Mutanten, unter der Führung von Professor Xavier, ihre Fähigkeiten zu kontrollieren. In einer Welt voller Vorurteile und Hass gegenüber allem, was fremd ist, gelten die Mutanten als die gefährlichsten Feinde der Menschheit.

In X-Men 2 Müssen sich die X-Men mit ihrem Erzfeind Magneto verbünden, um so ihre eigene Existenz und die der gesamten Menschheit zu retten.

In X-Men: Der letzte Wiederstand droht ein Heilmittel gegen Mutanten den Lauf der Geschichte für immer zu verändern und einen Krieg einzuläuten, der erneut Menschen gegen Mutanten stellt.