La storia ha inizio quando un gruppo di isole denominate Kark Isles appare nei pressi della città natale di Ryza, la protagonista.

Sospettando una minaccia, Ryza e i suoi amici esplorano le isole alla ricerca di indizi e scoprono alcune rovine fra cui spicca un gigantesco portale.

Non appena Ryza si avvicina al portale, una strana voce riecheggia nella sua testa spronandola a trovare il Code of the Universe. Cosa si cela al di là del portale e cosa significa Code of the Universe?

Nella speranza di trovare un modo per salvare la propria terra natale, Ryza e i suoi amici partono per una grande avventura che ruota intorno a una Key e alle radici dell'alchimia.