Atelier Sophie 2: The Alchemist of the Mysterious Dream prosegue la storia dell'avventura di Sophie e Plachta.

Dopo aver lasciato la città natale di Sophie, Kirchen Bell, i due scoprono un gigantesco albero, simile a quello che Plachta aveva visto in un sogno, e mentre si avvicinano un vortice misterioso li trascina al suo interno.

Sophie si risveglia sola in un mondo misterioso noto come Erde Wiege e non passa molto tempo prima che senta delle voci su una alchimista di nome Plachta che vive nei dintorni della città. Ma quando Sophie arriva all'atelier, incontra la giovane alchimista, ma anche se la ragazza ha lo stesso nome della sua migliore amica, lei non conosce Sophie…