La storia ha inizio sette anni prima degli eventi di FINAL FANTASY VII e segue Zack Fair, un giovane e ambizioso SOLDIER della Shinra.

Zack ha il compito di rintracciare un SOLDIER 1 classe di nome Genesis Rhapsodos. Nel corso della sua missione, tuttavia, scoprirà gli oscuri segreti degli esperimenti della Shinra e i mostri che vengono creati.

Nel gioco appaiono Cloud, Sephiroth, Aerith e altri personaggi del franchise di FINAL FANTASY VII.