Thomas e i suoi compagni dovranno affrontare la sfida più grande: trovare nuovi indizi sulla misteriosa e potente organizzazione nota come WCKD. Il loro viaggio li porterà nella Zona Bruciata, una landa desolata piena di ostacoli inimmaginabili. Con l'aiuto della resistenza, si troveranno ad affrontare la potentissima WCKD e sveleranno gli sconvolgenti piani che aveva in serbo per loro.