A.O.T. Wings of Freedom retrace l'intrigue développée durant la première saison de l'Attaque des Titans et relate les exploits de différents personnages clés de la série, permettant au joueur de revivre les moments les plus épiques de l'anime.

Le scénario s'intéresse au destin de trois jeunes gens qui ont survécu à la destruction de leur ville fortifiée par de gigantesques Titans mangeurs d'hommes, et qui finissent par rejoindre le bataillon d'exploration pour tenter de protéger l'humanité face à cette écrasante menace.