Atelier Sophie 2 vous plonge dans la suite des nombreuses aventures de Sophie et Plachta.

Après avoir quitté Kirchen Bell, le village natal de Sophie, le duo découvre un énorme arbre identique à celui que Plachta aurait vu dans un de ses rêves, et en se rapprochant de lui, un mystérieux vortex les aspirent à l'intérieur.

Sophie se réveille seule dans un nouveau monde appelé Erde Wiege. Peu de temps après son arrivée, elle entend parler d'une Alchimiste nommée Plachta vivant aux abords de la ville.

A sa surprise, lorsque Sophie arrive à l'atelier, elle rencontre une jeune alchimiste enthousiaste du nom de Plachta. Bien qu'elle partage le même nom que son amie, celle-ci ne semble pas reconnaître Sophie pour autant…