La survie de l'humanité est menacée quand le directeur Phil Coulson et son équipe doivent affronter un ennemi venu d'ailleurs.

Dévasté par la disparition tragique de l'agent Jemma Simmons, Leo Fitz décide de partir à sa recherche. Pendant ce temps, après la propagation de la Terrigen, le gouvernement américain crée l'ACTU pour surveiller les Inhumains.

Mais cette organisation va avoir de lourdes conséquences puisqu'elle va pousser Coulson à se venger. Mais cela risque de se retourner contre lui puisque de terrifiants aliens, les Hive, seront libérés.

Afin de combattre cec terrifiantes créatures, l'agent Daisy Johnson monte un équipe d'Inhumains: les secrets warriors. Mais ce qu'elle ignore, c'est qu'elle sera amenée à faire des sacrifices lorsqu'elle croisera le chemin de son double inhumain...

Bonus

-  Le bêtisier du S.H.I.E.L.D.
-  Surprise dans l'entrepôt
-  Le coup fatal
-  Sous terre
-  Échec et espoir
-  L'ascension 
-  Menotés
-  Dans le laboratoire
-  Montage d'introduction