Après des annöes loin et à l'abri du monde humain, les frères tortues souhaitent vivre une vie d'adolescents normaux et pour réaliser leurs vœux, ils entreprennent de gagner le cœur des New-yorkais par des actes héroïques.

Ils rencontrent April O'Neil à la suite d'une de leurs missions, elle va les aider à s'attaquer à un obscur syndicat du crime, mais leur plan dérape lorsqu'une armée de mutant se déchaîne sur la ville.